Llegó a inicios del 2021, en medio de una pandemia que azotaba al país y al mundo. Con mascarilla en el rostro y mucha ilusión por devolver a Alianza Lima a su lugar, según sus propias palabras en el aeropuerto al bajar del avión. El cuadro de La Victoria se encontraba a la espera del fallo del TAS para saber si jugaría primera o segunda división ese año. El mismo finalmente fue favorable, por lo que casi sin pretemporada, Hernán Barcos a sus 37 años tuvo que jugar el primer partido del año ante Cusco F.C. Entró en el segundo tiempo en lugar de Jairo Concha y con su equipo perdiendo por 2 a 1, asumió la responsabilidad de patear un penal al minuto 87’, mismo que convirtió e inició un camino que con el tiempo sería histórico en el cuadro íntimo.
Fue el primero de los diez tantos que anotó ese año y que llevaron a Alianza a conseguir un título después de cuatro años. Quizás el gol más recordado y gritado por el hincha, el que le marca a Cristal en la final de ida que a la postre fue el del campeonato ya que el marcador en la llave no se movió más.
Para el 2022 quedaba claro que era el titular indiscutido y goleador del plantel y a Barcos, esa responsabilidad no le pasó. Marcó 18 tantos y de su mano, en Matute celebraron un bicampeonato después de 18 largos años.
Ya para el 2023, a pesar de su rendimiento en las dos temporadas anteriores, se comenzaba a cuestionar si por su edad, podía seguir aportando lo mismo en el futuro. Alianza Lima se reforzó con Pablo Sabbag, delantero que llegó y comenzó a anotar de manera recurrente mandando a Barcos al banco, pero cuando el primero comenzó a padecer lesiones que lo alejaron del campo, apareció nuevamente “El Pirata” para que nadie se impaciente y no solo continuó marcando sino que en Junio, el día que Alianza recibió el premio de ganador del Apertura, se convirtió en el máximo artillero extranjero de la historia del club tras anotarle dos tantos a Deportivo Garcilaso en Matute. Terminó el año con 17 goles y aunque sin lograr el ansiado “Tri”, en gran parte gracias a él, los victorianos dieron pelea hasta la última fecha del clausura y en la final.
Si algo le faltaba era meter un gol a nivel internacional con los blanquiazules. A los 40 años lo logró. Ante Cerro Porteño y Colo Colo en lo que ya era su casa, el Alejandro Villanueva de La Victoria. En el torneo local aportó catorce conquistas que lo configuraron por cuarto año consecutivo como el goleador del club.
Parecía que la historia había finalizado, que más páginas no se escribirían pero Hernán tenía otros planes. Este 2025 contra Talleres en la agonía del partido, en La Bombonera frente a Boca y en la Arena Do Gremio, la extendió y la convirtió en leyenda, siendo parte de dos de las eliminatorias más importantes de la historia de Alianza.
Hace unas horas se hizo oficial su salida del club. En un video dijo irse tranquilo y sobre todo agradecido con el hincha. Seguramente el último sentimiento es mutuo más no el primero ya que cada fin de semana una multitud en Matute extrañará corear a viva voz su apellido y ver un ojo tapado al lado de un puño levantado en cada grito de gol.
